ابراهیم رئیسی با حکم آیت الله خمینی عضو هیاتی قضایی برای رسیدگی به وضعیت زندانیان سیاسی و عقیدتی بوده است که در تابستان ۱۳۶۷ دوره محکومیت خود را سپری می کردند. هزاران نفر از این زندانیان طی محاکمات کوتاه به جوخه های اعدام سپرده شدند. اگنس کالامار، دبیر کل سازمان عفو بین‌الملل خواستار آن شده است که ابراهیم رئیسی رئیس جمهور منتخب ایران بابت اقداماتش که وی آن را "جنایات علیه بشریت" خوانده تحت تحقیقات کیفری قرار گیرد.
خانم کالامار گفته است "این که ابراهیم رئیسی به مقام ریاست جمهوری دست پیدا کرده است به جای آن که به دلیل ارتکاب جنایات علیه بشریت، از جمله قتل، ناپدیدسازی قهری و شکنجه تحت تحقیقات کیفری قرار بگیرد، نمودی فجیع از سلطه مطلق مصونیت در ایران است."
درخواست تعقیب کیفری آقای رئیسی ساعاتی پس از مطرح شد که وزارت کشور ایران وی را پیروز سیزدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری اعلام کرد.
آقای رئیسی با حکم آیت الله خمینی عضو هیاتی قضایی برای رسیدگی به وضعیت زندانیان سیاسی و عقیدتی بوده است که در تابستان ۱۳۶۷ دوره محکومیت خود را سپری می کردند. هزاران نفر از این زندانیان طی محاکمات کوتاه به جوخه های اعدام سپرده شدند.
این موضوع تا سال ها از سوی حکومت از اطلاع افکار عمومی ایران پنهان نگه داشته شده بود اما با تلاش خانواده قربانیان که از محل دقیق دفن آنها بی‌اطلاع بوده‌اند، شهروندان ایرانی به مرور با کلیاتی از این واقعه آشنا شدند.
ا،
اگنس کالاما دبیرکل عفو بین الملل خواستار وارد شدن شورای حقوق بشر سازمان ملل به موضوع پرونده ابراهیم رئیسی شده است
در جریان انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۷۶ که آقای رئیسی رقیب انتخاباتی حسن روحانی بود و از وی شکست خورد، آقای روحانی در یک سخنرانی انتخاباتی در همدان بدون نام بردن از آقای رئیسی گفته بود "مردم ایران اعلام می‌کنند آنهایی که در طول ۳۸ سال فقط اعدام و زندان بلد بودند، را قبول ندارند".
آیت الله حسینعلی منتظری در زمانی که نائب رهبری ایران بود از این اقدام به عنوان "بزرگترین جنایتی که جمهوری اسلامی مرتکب شده" و "در تاریخ از آن یاد می شود" نام برده است.
دبیرکل عفو بین الملل در واکنش به انتخاب آقای رئیسی به عنوان هشتمین رئیس جمهور ایران گفته است "سازمان ما در سال ۱۳۹۷ مستند سازی کرد که چگونه ابراهیم رئیسی عضوی از «هیئت مرگ» شهر تهران بوده که در سال ۱۳۶۷، چندین هزار مخالف و دگراندیش سیاسی را در زندان‌های اوین و گوهردشت تحت ناپدیدسازی قهری قرار داده و به طور فراقضایی اعدام کرده است.".
خانم کالامار گفته است"سرنوشت قربانیان و محل دفن پیکر‌شان تا امروز به نحو سازمان‌یافته توسط مقامات ایران پنهان شده است، امری که مصداق ارتکاب ادامه‌دار جنایات علیه بشریت است".
دبیرکل عفو بین الملل گفته است "ابراهیم رئیسی در مقام رئیس قوه قضائیه، ناظر بر سرکوب شدید و فزاینده حقوق بشر در ایران بوده است، سرکوبی که دستگیری بی‌ضابطه صدها تن از معترضان مسالمت‌جو، مخالفان و دگراندیشان، مدافعان حقوق بشر و اعضای گروه‌های اقلیت تحت ستم را به همراه داشته است".
اگنس کالامار در بیانیه خود گفته است "قوه قضائیه تحت ریاست ابراهیم رئیسی، همچنین مصونیت مطلق به مسئولان دولتی و نیروهای امنیتی اعطا کرده است که مسئول کشتار صدها مرد، زن و کودک طی اعتراضات سراسری آبان ۹۸ و نیز دستگیری گسترده هزاران معترض و ارتکاب ناپدیدسازی قهری، شکنجه یا سایر رفتار‌های بی‌رحمانه، غیرانسانی و ترذیلی علیه صدها تن از آنها بوده‌اند".
خانم کالامار گفته "ما همچنان تاکید می‌کنیم که ابراهیم رئیسی در ارتباط با دست داشتن در جنایات بین‌المللی پیشین و ادامه‌دار مورد تحقیقات کیفری قرار بگیرد، از جمله توسط کشورهایی که اصل صلاحیت قضایی جهانی را اعمال می‌کنند".
دبیرکل عفو بین الملل گفته است "اکنون بیش از هر زمان دیگر ضرورت دارد که کشورهای عضو شورای حقوق بشر سازمان ملل اقداماتی مشخص برای رسیدگی به بحران مصونیت ساختاری در ایران اتخاذ کند، از جمله از طریق تأسیس یک مکانیسم مستقل برای گردآوری و تحلیل اسناد و شواهد مربوط به جدی‌ترین جرایم بین‌المللی که در ایران ارتکاب یافته‌اند، تا از این طریق بتوان زمینه دادرسی‌های کیفری مستقل و عادلانه را در آینده فراهم ساخت".
آقای رئیسی مرداد ماه امسال جانشین حسن روحانی خواهد شد که هشت سال رئیس جمهور ایران بود.
او در ایام رقابت های انتخاباتی از سمت خود به عنوان رئیس قوه قضائیه کناره گیری نکرد و اکنون در رخدادی بی‌سابقه در جمهوری اسلامی ایران همزمان رئیس جمهور منتخب و رئیس قوه قضائیه است.